A fejedelmet a szultán túszul ejtette, de ezzel már nem tudta megvásárolni a békét. 1687-ben Nagyharsánynál zajlott le a legnagyobb csata, mely fényes Habsburg győzelemmel zárult. Úgy látszott, semmi sem állítja meg a császáriakat. A második mohácsi csatának is nevezett összecsapás mintegy keretbe foglalta a magyarországi török háborúkat. Ekkor fordulat állt be a háború menetében. XIV. Lajos döbbenten látta Lipót fergeteges sikereit, a növekvő Habsburg Birodalmat. Feladta hát semlegességét. A Török Birodalomban egy új, határozott nagyvezér vette át az irányítást. Megszilárdította a fegyelmet, ütőképesebbé tette a hadsereget. A törökök visszahódították a Balkánt. Az elhúzódó háború azonban a pusztításokon kívül más eredménnyel már nem járt. Az utolsó jelentős ütközet az Alföldön volt 1697-ben. Savoyai (ejtsd: szavojai) Jenő Zentánál szétverte az ellenfél seregét. Immár mindkét fél hajlott a megegyezésre. A Karlócán megkötött béke 1699-ben rögzítette a kialakult helyzetet. A Temesköz kivételével egész Magyarország a Habsburgoké lett.
Magyarországot feladta, Bécset megerősítette. A császárváros már két hónapja állt ostrom alatt, mikor Lotaringiai Károly császári és Sobieski János lengyel serege az ostromlókra zúdult. A nagy veszteséget szenvedő törökök menekültek, a nagyvezír selyemzsinórt kapott. Megkezdődött Magyarország török uralom alóli felszabadítása. Miért sikerült győzni? A török haderő elmaradt a fejlődésben, már csak nagy tömegeket tudott felvonultatni. A segédhadakat adó magyar kurucok főleg a hagyományos könnyűlovas harcmodorban voltak járatosak. A portyázó harcmodor nem volt alkalmas nyílt ütközetre. A császári haderő ellenben egységesen felszerelt, kiképzett katonákból állt. Létszámában is megerősödött, a fegyvernemek összehangoltan harcoltak. Nemzetközi összefogással 1684-ben megszületett a Szent Liga. Még a régi rivális, XIV. Lajos Franciaországa is semlegességet vállalt. Budát 145 év után, 1686-ban sikerült visszafoglalni. Az utolsó budai pasa, Abdurrahman is elesett. Thököly fejedelemségének sorsa megpecsételődött.